牙周病的发病机制是菌斑、牙结石等。
通常诱发牙周病的原因为菌斑或牙石。菌斑就是粘附在牙齿表面上的微生物群，不可以使用漱口水清洗等清除。牙结石则是由硬骨细胞及结缔组织所产生的晶体物质。目前，菌斑作为牙周病始动因子已被广泛接受，是导致牙周病最重要的致病因素，牙石则是一种菌斑，其矿化方式是沉积于牙面，而牙周病发病机理则是与牙石相同。牙石对牙周组织造成的损害主要表现在形成良好的菌斑附着及细菌滋生环境以及牙石自身。