牙根尖周炎黏膜下脓肿可以采用以下方式进行治疗：
1.药物治疗：患者可以在医生指导下使用盐酸米诺环素胶囊、替硝唑胶囊等药物进行治疗，能够起到消炎的作用。
2.手术治疗：牙根尖周炎黏膜下脓肿一般都很大，因此面部会出现明显的肿胀和水泡，这种情况下患者需要进行手术切除和根管手术。
在治疗期间，患者应该避免食用辛辣刺激的食物，做口腔卫生。