目前临床上比较公认的几种主要致病菌包括：板放线杆菌，与牙周炎，尤其是侵袭性牙周炎有密切关系。第二，牙龈卟啉单胞菌是引起慢性牙周炎的主要病原体。第三种是福赛坦细菌，在多种牙周炎中均检出。第四种是巨核缩杆菌（Lactobacillus）。第五种是中间普氏菌和变黑的普氏菌。第六种是放线菌。第七种是牙垢螺旋体。前三种是有证据的致病菌，第二种是有中等证据的致病菌，而牙周病的主要细菌则是以上。