手足口病和疱疹性咽峡炎在早期有相似的症状，在中后期会有明显的区别。手足口病早期会出现发烧，持续两三天以后首先咽部或者口周会出现疱疹，紧接着皮肤尤其是在手心、脚心、肛门周围的部位会出现疱疹，可以明确的诊断。而疱疹性咽峡炎发烧一两天以后，仅限于咽喉部位出现红色的点状的滤泡性的疱疹，伴有咽部的疼痛，影响喝水或者吃饭，婴幼儿可能会出现流涎，拒食。