牙根发黑，最常见的是牙骨质龋，也就是牙齿的根部发生了龋坏形成的发黑，通常来说，牙根发黑多见于牙根都有食物残渣，牙石的刺激，细菌在牙菌斑的作用下发酵产生引起牙齿的脱矿，时间久了就会形成牙骨质的龋坏。除此之外，牙根发黑也常见牙齿长期处于一种黑色的环境中引起的一种牙齿外源性着色。