发病部位不同，咽炎是由于咽部和其喉部的咽黏膜及其淋巴组织异常导致的。扁桃体炎常出现在扁桃体的隐窝、实质等处。临床表现不同，咽炎与扁桃体炎均有急慢性之分，成年人群常患急性咽炎，有咽干发热、疼痛等症状。而扁桃体发炎时，则扁桃体会充血、肿大，严重时会有黄白色脓点。咽炎患者还会出现咽壁黏膜水肿，明显区别是患有扁桃体炎会引起发烧，而咽炎患者不会出现这种现象。