口腔囊肿分为根尖周囊肿，含牙囊肿，以及牙源性角化囊肿。范围小的根尖周囊肿，可以在牙齿做完根管治疗后，进行囊肿的搔刮术，把囊肿清理出来。含牙囊肿的治疗原则是，手术摘除囊肿以及囊肿内所含的牙齿。牙源性角化囊肿由于极易复发，所以牙源性角化囊肿的治疗原则是手术彻底清除囊肿，有时需要去除囊肿周围的部分牙槽骨。