深层牙周袋内壁的化脓性炎症延伸至深层结缔组织，当脓液不能排入袋内时，袋壁软组织内会形成脓肿。深牙周袋是迂回的，涉及多个牙齿表面，不能顺利排出脓性渗出物，特别是涉及牙根分叉区域。在刮垢或刮擦过程中，作用是粗糙的，将碎屑和细菌推入牙周袋的深层组织或损坏牙龈组织。