目前尚不明确导致自身免疫肝病的原因。根据调查，有的患者会引发某些自己免疫性肝病，例如：丙型肝炎病毒、甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒等，以及其它病毒，以及某些微生物引起的自体免疫肝病。
如果免疫力失调，人体的免疫力会出现失调，从而引起免疫系统对肝细胞和胆管细胞的伤害。
如果环境的影响，有些辐射会引起肝脏和胆道的某些组织的变化，从而生成一种新的抗体，从而被免疫细胞所袭击。
还可能是基因缺陷引起的。