乙型肝炎的发病机理是乙肝病毒侵犯了肝细胞，引起肝细胞的病变。
肝受损的原因是由于肝的免疫力，这是由乙肝病毒引起的部分肝细胞产生的。一般情况下，在乙型肝炎的免疫耐受期内，肝功能是不会出现异常的。在乙肝的免疫清除期，人体要想将其排出体外，难免会对肝脏造成一些损害。有些病人可以自行进行了免疫清理，但是会有短期的肝功能异常，随后会有一段时间的病毒降低，随着病毒的减少，肝功能也会逐渐的回复到原来的水平。一些病人如果无法彻底的消除，很可能会出现持久的肝功能异常，所以要进行抗病毒治疗。