治疗肝脓肿的药物是碳青毒烧类、第二代头抱菌素、氨基首类等药物。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。常用的药物有碳青毒烧类、第二代头抱菌素、氨基首类、甲硝唑、替硝唑等。
建议患者在用药期间注意饮食清淡，避免吃辛辣、油腻的食物。