母亲乙肝阳性应该通过以下方式来预防新生儿感染：
第一，在生产的三个月内，每个月三次肌注射乙肝免疫球蛋白体，如果乙肝阳性而且有乳头破损不宜哺乳和新生儿免疫接种。
第二，可以在新生儿出生后通过接种疫苗来中和体内的病毒。
第三，如果是乙肝抗体和e抗体呈阳性者，那么这一类型的新生儿在出生后要尽快进行乙型肝炎的免疫，在12个小时以内、一个月和半年中分别进行一次免疫，每隔三到五年就要进行一次强化。