甲肝疫苗可能会导致过敏反应，通常情况下，疫苗均可引起过敏反应，可有皮疹，严重者甚至发生过敏性休克。
在接种疫苗后，需要注意的是，观察时间在15至30分钟之间，如无症状，便可考虑从注射疫苗处离开。如果在这段时间内，发现皮肤上有丘疹，或者瘙痒等情况时，应该立即停用疫苗。但仍需重视持续的观察，尤其是在注射疫苗后的一两天，应重点观察有无皮疹，有没有发烧。另外，接种过疫苗或者在疫苗使用之前还要对其安全性进行检查，确保不会出现不良反应。尽管疫苗均是相对安全的，副反应极少发生，但由于个体体质差异，有些副反应是可能发生的。另外还有一个问题就是免疫失败的现象发生。临床最常见副反应之一，以发热反应和皮肤过敏为主，如有这样的反映，应结合个体的情况来判断病因判断是否为疫苗所致，或者恰好融合了另一些理由。