先天性单纯疱疹病毒感染的预后怎么样，需要根据实际情况来判断。
先天性单纯疱疹病毒感染后，虽然抗病毒药物可以改善神经系统的发展，但并不能减少死亡率，特别是对有中枢神经系统的患儿，虽然感染了单纯疱疹病毒，但存活下来的人的神经系统的发育并没有发生改变。早期或早期有痉挛的婴儿，其预后较差，与播散性中枢神经系统单纯疱疹病毒感染患者相反，部分患者经抗病毒药物后，长期疗效显著。