细菌和病毒最大的区别在于病原的不同，前者是细菌，后者是病毒，只要有足够的病原学检测，就可以进行血液培养，痰培养，CR等检测。
而在临床上，一般不能通过病因来判断病因，一般是因为细菌引起的发烧会出现畏寒、寒战等表现，而如果是病毒引起的发烧，一般不会出现以上的表现。另外，血液常规中嗜酸性白细胞增高，而病毒感染主要表现为淋巴细胞增高。可出现CT或CR增高的细菌感染。