丙肝的最佳治疗是抗病毒治疗，目前抗病毒治疗首选的用药是口服小分子化合物。
根据丙肝病毒的基因型不同，选择的抗病毒药物也不一样，有些抗病毒药物是全基因型，有些抗病毒药物并不能覆盖所有的基因型，所以丙肝患者需要进行病毒基因型的检测，根据不同的基因型选择合适的抗病毒药物。大多数丙肝患者治疗3个月后均可治愈，少数患者，特别是难治性丙肝患者，可能需要半年左右的时间。