慢性乙型肝炎的发病机理通常是乙肝病毒累及肝细胞，引起免疫损伤。
在乙肝病毒感染后，肝细胞内通常有一种不特异性的炎症，乙肝病毒会在肝细胞内大量增殖，从而导致许多乙肝相关的病毒血症，进而使肝功能异常，导致肝脏出现免疫受损。此时，通常需要进行抗病毒治疗，具体的治疗方案要根据患者的具体情况来制定，除抗病毒治疗外，可以辅以保肝、护肝的药物，以改善肝功能。