甲肝、乙肝感染后，因潜伏期而异，故发病时间不一。
甲型肝炎潜伏期约2周至6周不等，平均4周。乙肝潜伏期为1-6个月，平均3个月。这是因为乙肝病毒主要通过血液传播，因此一般不会引起明显的临床症状。甲肝做为一种急性传染病，感染后在潜伏期内迅速起病，发生肝功能不正常。因此，要及时对疾病做出诊断和治疗，如果延误了病情，可能会造成严重的后果。乙型肝炎可存在一个急性过程，亦可为慢性携带过程，因此，乙型肝炎在感染以后相当长的一段时间里不会发生，潜伏时间较长者达十余年之久，20年或一生不发病，仅显示肝炎病毒的携带情况，且肝功能正常。这说明乙肝病毒的存在与机体免疫系统功能失调有关。因此与乙肝的患病时间不一样，需结合病人实验室检查及临床症状加以鉴别。