乙肝病毒不能根治的原因有很多，首先乙肝病毒在肝细胞内进行复制的，因此如果需要杀死乙肝病毒药物，药物需要进入肝细胞内才能起到作用。此外，乙肝病毒在肝细胞内形成超螺旋的DNA结构，只要有少量的DNA残留就可以以此为模板进行复制，很容易造成复发。