隐球菌脑膜炎的愈后通常不良，一旦发生，病情常进行性加重，死亡率较高。如果不经过治疗，存活期一般只有数月，平均为5-6个月左右。如果给予正规的抗真菌治疗，有可能彻底治愈，但是也常常有明显的并发症和神经系统功能缺损的后遗症。有的可能治疗不能彻底，在之后数年内病情有反复的发作或者加重，需要经常治疗。