做肠镜一般是不会出现交叉感染的。内镜检查内镜在完成一例检查之后要经过非常严格的消毒，要经过搓洗、漂洗、酶洗、消毒、干燥等多个程序，一般经过这些处理以后常见的致病菌是完全可以杀灭的，所以在临床上做肠镜不要担心有交叉感染情况的出现。