乙型肝炎抗病毒治疗的时间是：当血清谷丙转氨酶大于正常值2倍持续3-6个月，HBeAg阳性且达到一定水平时应予以抗病毒治疗。抗病毒治疗是免疫清除期，在此期间血清HbeAg和HBV-DNA水平显著降低，血清谷丙转氨酶水平升高，肝脏出现活动性炎症。