自身免疫性肝炎的预后差异较大，未经治疗的可缓慢进展为肝硬化，或发展为急性、亚急性、暴发性肝病，最终以各种并发症而死亡。如果不治疗3年的生存率为50%，5年为10%。而治疗后20年的生存率达80%，其寿命与性别、年龄相匹配的正常健康人群无明显差别。