自身免疫性肝炎不是由肝炎病毒或者不主要是由肝炎病毒侵入人体引起的，一般是人体的免疫系统对自身的蛋白组织有耐受性，而对外来蛋白组织没有耐受性，外来的蛋白组织（病毒、细菌等）一旦进入人体，免疫系统就会主动攻击它们，直到将其清除。然而某些因素，如遗传、药物、营养障碍等，使人体自身的某些蛋白组织失去了免疫系统对其具备的耐受性，这部分蛋白组织便会受到免疫系统的攻击，并产生损伤，然后导致自身免疫性肝炎。