射频消融目前已经是心律失常的一线治疗手段，但它是一个手术，会有并发症。射频消融手术的主要并发症是会误伤到传导系统的希氏束，可出现房室传导阻滞，三度房室传导阻滞时如果希氏束不能恢复，要装永久起搏器。最严重的并发症是心脏破裂，这种发生率很低。手术的过程中医生操作手法尽量温柔，导管移动会相对缓慢，如果采用三维重建，并发症的出现率会大大降低。