感染性心内膜炎疗程亦要足够长，力求治愈，一般为4～6周。对临床高度怀疑本病，而血培养反复阴性者，可凭经验按肠球菌及金黄色葡萄球菌感染，选用大剂量药物治疗2周，同时作血培养和血清学检查，除外真菌，支原体，立克次体引起的感染。若无效，改用其他杀菌剂药物，感染心内膜炎复发时，应再治疗，且疗程宜适当延长。