轻型和普通的甲型流感患者通常在5-7天左右治愈，但重症者可能有并发症出现，导致病情迁延，治愈时间更长。
患了甲流需要尽早治疗，最好在发病以后48小时之内服药。《流行性感冒诊疗方案》中指出，西药可以选择奥司他韦等，中药可选择连花清瘟等药物进行治疗。连花清瘟针对流感患者发热或高热、头痛、肌肉酸痛、咽干咽痛、鼻塞流涕等症有效；多项实验研究证实其对甲型流感病毒（H1N1、H3N2等）、乙型流感病毒等都有很好的抑制拮抗作用。