长期透析会发生全身多系统的并发症，包括心脑血管、血液系统和骨骼系统。
心脏的并发症中，最多见的就是高血压和心力衰竭，还会有血管和瓣膜钙化，严重者会有瓣膜狭窄。营养不良还常见于透析患者，其特征是体重减轻和肌肉含量降低。
血液系统并发症中肾性贫血最为多见，它可以由造血原料如铁和叶酸的缺乏引起，也可以由肾脏EPO分泌不足引起。
与CKD-MBD有关的骨代谢异常也可能发生，例如骨质疏松症和无动力性骨病。另外，还有可能发生容量超负荷和电解质酸碱平衡失调。