双肾多发小囊肿通常可以通过日常护理、手术治疗等方式进行治疗。
双肾多发小囊肿需要通过临床上的观察来确定其数量、大小和位置。假如是3个或5cm以下，需要定时复查，观察是否有明显的改变，可以不做任何的治疗。假如一个肾脏有3个以上的囊肿，且直径大于5cm，并且向内生长，此时就应该进行治疗了，治疗的方式就是囊肿去顶减压术或者是囊肿切除术。通过治疗，可以使较大的囊肿逐渐消失，从而减轻多发肾囊肿对肾实质的挤压，从而提高肾脏的功能。
如果是双肾脏多发性囊肿患者，应该尽量不要服用含咖啡因的药物或食品，如浓茶、咖啡、奶茶等。