当肾囊肿大于5cm时，一般情况下可以考虑做手术，但要根据肾囊肿的部位和数量来确定是否要做手术。肾囊肿是由膨大的肾小管憩室组成的，当肾囊肿形成后，会逐渐增大，当增大到一定程度，就会对肾脏的组织造成压力，引起患者的部分组织失功能，或者是肾积水、尿路感染等，此时就需要进行手术。
一般情况下，囊肿超过5cm的时候，就可以考虑手术了。要是3个以上，5cm以上，就要做手术了。手术一般都是用针吸出囊液，注射硬化剂，或者摘除囊肿，如果有需要，还会做肾脏囊肿的切除。