在头痛的时候经常要做CT，CT的目的是通过影像学的检查方式，除外颅内结构的变化，包括肿瘤、脑梗塞、脑出血等等问题。这些对CT放射线敏感的结构改变，都可以通过CT发现。如果一个头痛病人的CT正常，说明没有大体的结构变化，可能是功能性头痛。
在这样的情况下，可以进一步做核磁来验证CT的结构正常，将会认为这个头痛是功能性头痛的可能性比较大，比如偏头疼、紧张性头疼、丛集性头疼。在发作的时候CT没有阳性发现，提示是一种功能性头疼，就可以对症治疗。