在脑血栓发病的急性期就是发病3-4.5小时之内，使用阿替普酶，它是一种纤溶酶原激活物，主要是溶解纤维蛋白，阻止血栓的进一步形成。在发病六个小时之内，在一些没有条件地方，使用的尿激酶也是类似原理。在抗血栓治疗中的阿司匹林和波立维是属于抗血小板聚集的药物，作用的机制不一样，主要都是防止血小板的聚集导致血栓的形成。
他汀类的药物的作用主要是稳定斑块、降低低密度脂蛋白，主要是用于动脉粥样硬化、血栓形成导致的脑血栓的治疗。其他的药物，比如治疗高血压和糖尿病的药，是针对血栓形成的危险因素糖尿病和高血压继续进行治疗。其他的像丁苯酞注射液，主要是促进微循环来治疗脑血栓。依达拉奉是自由基清除剂，主要是清除自由基，改善脑梗预后。在脑血栓治疗的二级预防当中，主要是针对病因治疗，像房颤等疾病引起的血栓，最后需要使用华法林这类的维生素K依赖的口服抗凝药，或者是新的口服抗凝药来防止脑栓塞。还有其他小血管病变导致的脑血栓形成，主要是针对病因，就是这些小血管疾病的病因来进行治疗。