能够引起脑膜炎的病原体，包括细菌、病毒、真菌、螺旋体、寄生虫、立克次体、朊蛋白等。所有这些病原体侵犯到脑的蛛网膜时，都可以引起脑膜炎。其中最常见的是病毒性脑膜炎，其病原体多是肠道病毒，包括科萨奇病毒a、科萨奇病毒b 、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、流行性腮腺炎病毒、单纯疱疹病毒，还有腺病毒。细菌性脑膜炎则是以化脓性细菌感染导致的最常见，致病菌为肺炎球菌、脑膜炎双球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌等。还有特殊的细菌，比如结核分枝杆菌。真菌性脑膜炎则以新型隐球菌感染为代表，多见于一些免疫机制异常的患者，比如艾滋病人。螺旋体感染以梅毒螺旋体为主，此外还有神经莱姆病，是伯氏疏螺旋体感染引起，钩端螺旋体也可以引起神经系统钩端螺旋体病。脑寄生虫则是以脑囊虫最为多见，其次是脑型血吸虫、脑棘球蚴、脑型肺吸虫。