颅内感染的后遗症主要会集中在大脑神经功能缺损表现的临床症状上。这类患者通常由于严重的颅内感染，可能会造成患者出现智力下降，记忆力下降，计算力下降等认知力下降的临床表现。损伤严重的患者，可能还会出现偏瘫卧床，双下肢瘫痪，肢体活动不利，肢体感觉障碍等局部症状。少数患者也可能出现癫痫发作和脑积水等后遗症，也有出现脑性瘫痪的情况。因此，颅内感染需要积极治疗才能减少后遗症的发生几率。