隐球菌导致颅内感染相对来说并不常见。治疗目前来说是比较严重的，其病情重，疗程长，预后差，病死率高。随着两性霉B、氟胞嘧啶等药物的问世， 隐球菌颅内感染的治愈率达到60 % ~ 70%, 多数的患者可以临床治愈，不过复发率仍然很高，少数的病人有可能迁延不愈，目前新型药物联合应用明显缩短了治疗疗程，提高了治愈率。隐球菌是一种机会致命菌，只有在人体抵抗力下降的时候才会感染。本病常进行性加重，预后不良，死亡率较高。未经治疗者常在数月内死亡，平均病程为6个月。早期被误诊、用药剂量或疗程不足合并多种基础疾病、脑脊液压力过高应用激素或抗生素时间过长者预后差。治疗者也常见并发症和神经系统后遗症，可在数年内病情反复缓解和加重。