多发腔隙性脑梗塞多数与高血压、糖尿病有关，所以在治疗上主要以控制病因为主。目前的医学研究认为绝大多数的腔隙性脑梗塞与基础病控制不佳有关，仅少部分与分支血管动脉粥样硬化有关，所以如果是前者控制危险因素即可，因为病因与血栓无关，是小动脉硬化闭塞所致，这种情况不必服用抗栓药物。如果完善检查（脑血管超声或头CTA）后发现相关分支动脉里有斑块形成，则容易增长阻塞血管，这种病因的腔隙性脑梗塞需要积极抗栓药物治疗（阿司匹林或氯吡格雷联合阿托伐他汀钙片），同时控制各种危险因素。