三叉神经痛的发病原因目前尚不明确。大部分原发性三叉神经痛找不到确切病因，目前推测的说法是颅内血管（动脉或静脉）过于靠近并压迫三叉神经导致其出现功能障碍。除原发性三叉神经痛以外，继发性三叉神经痛由颅内外各种器质性病变（比如邻近部位的肿瘤、炎症、外伤）引起的三叉神经继发性损害而诱发的三叉神经痛。对于这种情况，一般去除病因后，三叉神经痛的症状也会得到改善。