胼胝体发育不良常见的原因包括胚胎早期的子宫内感染、缺血等因素，可以导致大脑前部发育失常。还有毒性代谢性因素，怀孕时母亲酒精中毒或糖尿病，胎儿本身患代谢性疾病也会导致。染色体异常，像18-三体等等，还有基因异常或特殊症候群，会以显性遗传、隐性遗传或性联遗传的方式遗传而来，胚胎期的发育异常都会导致胎儿以及出生后发现胼胝体发育不全。
胼胝体是连接人左右两个大脑半球之间的最大的神经纤维素，胼胝体发育不良要知道胼胝体的发育过程，在胚胎的第7-10周时大脑的终板背侧普遍性增浓，在上方形成联合块，后者可以诱导大脑半球轴突从一侧向另一侧生长，形成胼胝体。在胚胎期74天时就可以见到最早的胼胝体纤维，在115天时胼胝体在形态上成熟。如果在这个发育过程中间出现一些影响，就会导致胼胝体发育异常。