重症肌无力的预后与分型有关，眼肌型、轻度全身型预后较好，只要服用溴吡啶，或使用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤、他克莫司，就能抑制疾病的进展，并长期存活。如果是较严重的重症肌无力，诱发呼吸衰竭，预后会相对较差。
如果重症肌无力诱发肌无力危象，如胆碱危象、肌无力危象，说明预后相对较差，可能需要采用大剂量激素或血浆置换。预防重症肌无力主要是避免过度疲劳，避免使用加重重症肌无力的药物，如氨基糖苷类抗生素，应尽量避免使用镇静催眠药。