长期偏头痛易诱发疾病，如患者出现无症状腔隙性脑梗死，与偏头痛有一定关系，可导致患者脑内多发性缺血灶，属于腔隙性脑梗死。长期偏头痛常见的并发症是出现情绪问题，如焦虑、抑郁、高血压等。
极少数情况下偏头痛可诱发患者癫痫的发生，发病率很低。但偏头痛的患者，建议平时在生活方式上要注意避免诱发偏头痛发作的因素。