新生儿脑缺氧是否会有后遗症，要根据新生儿脑缺氧的程度、时间而定。如果是轻度的缺氧，也就是新生儿虽然有缺氧的病史，但没有惊厥、昏迷、反应好、食奶好，早期易激惹，但72小时后很快恢复正常，这种缺氧不会使新生儿出现后遗症。
如果是严重的缺氧或缺氧时间持续较长，新生儿生后在72小时内出现惊厥，之后又过渡到抑制状态、反应差、肌张力低下、脑电图提示严重的异常，这种情况会留下神经系统的后遗症。