病毒性脑膜炎的治疗主要是抗病毒，常用阿昔洛韦或更昔洛韦制剂，静脉滴注2-3周后改为口服。同时，由于病毒性脑炎患者常有颅内压高的表现，因此常使用甘露醇注射液等脱水、降颅内压的药物。
病毒性脑膜炎的预后因病毒而异，大多数非特异性病毒治疗后可以完全恢复，不留后遗症。病毒性脑膜炎属于自限性疾病的病例很少，有些病毒性脑膜炎患者会留下明显的后遗症，如精神和行为障碍，常见的是单纯疱疹病毒感染，预后会相对较差。