重症肌无力症目前认为是一种自身免疫性疾病，由于免疫力下降或者紊乱、胸腺瘤等，使身体内产生乙酰胆碱受体抗体。
目前认为胸腺会产生一种肌样细胞，会与神经肌肉接头突触后膜的乙酰胆碱受体相结合，但是不具备激活乙酰胆碱产生肌肉收缩的作用。正常的乙酰胆碱受体激动剂不能结合，而产生眼睑肌或者四肢肌肉无力的症状，表现为早上醒来肌力尚可，而活动后肌肉无力症状加重。