早期肌阵挛脑病的治疗比较困难，该病的多数患儿对抗癫痫药物治疗无反应。使用促肾上腺皮质激素和维生素B6效果，也均不明显。
一、药物治疗
临床上多使用托吡酯也称妥泰，可用于治疗单纯部分性发作、复杂部分性发作和全身强直阵挛性发作。但会出现如头晕、疲劳、食欲减退、失语等中枢神经系统不良反应，患儿应按医嘱的药量进行服药。
二、手术治疗
早期肌阵挛脑病无有效手术治疗，采取药物治疗可以缓解症状和避免肌阵挛发作。