早期诊断和治疗是降低本病死亡率的关键，主要包括抗病毒治疗，辅以免疫治疗和对症支持治疗，防止并发症的治疗。
一、药物治疗
1、抗病毒药物治疗：
（1）阿昔洛韦：该药是治疗单纯疱疹病毒性脑炎的首选药物，能抑制病毒DNA的合成，是广谱抗病毒药物。对HSV-1和HSV-2均有强烈的抑制作用，对水痘-带状疱疹病毒也有抑制作用，对巨细胞病毒的抑制作用相对较弱。若病情较重，可延长治疗时间或者再重复治疗一个疗程。当临床提示单纯疱疹病毒性脑炎或不能排除单纯疱疹病毒性脑炎时，应立即给予阿昔洛韦治疗，不应等待病毒学结果而延误用药。
（2）更昔洛韦：化学结构与阿昔洛韦相似，但在侧链上多一个羟基，增强了抑制病毒DNA合成的作用。更昔洛韦的抗病毒谱与阿昔洛韦类似，更昔洛韦对阿昔洛韦耐药的HSV突变株亦敏感，对巨细胞病毒有强烈的抑制作用，主要不良反应是肾功能损害和骨髓抑制。
2、肾上腺皮质激素：对应用糖皮质激素治疗本病尚有争议，目前仍没有确切依据支持所有单纯疱疹病毒性脑炎患者使用糖皮质激素。理论上，糖皮质激素可抑制神经炎症反应而获益，但同时也会加剧中枢神经系统的病毒感染而加重病情，仅对于严重脑水肿不适于腰椎穿刺患者可酌情使用。
二、手术治疗
单纯疱疹病毒性脑炎无需手术治疗。
三、其他治疗
1、对高热抽搐、精神症状或颅内压增高者，可分别给予降温、抗癫痫、镇静和脱水降颅压治疗。
2、对昏迷患者应保持呼吸道通畅，并维持水电解质平衡给予营养代谢支持治疗。
3、恢复期可采用理疗按摩、针灸等帮助肢体功能恢复。