复发性无菌性脑膜炎的病因目前仍不清楚，可能和感染、囊肿细胞脱落、免疫反应、药物因素有关，此外抵抗力低下是本病的诱因。
一、主要病因
1、感染：所谓“无菌性脑膜炎“是指通过脑脊液标本革兰染色或分离培养均不能发现病原微生物。事实上，“无菌性脑膜炎”并非没有病原体，许多病原微生物，特别是病毒感染是导致“无菌性脑膜炎“的重要原因。复发性无菌性脑膜炎可能与单纯疱疹病毒及EB病毒感染有关，目前能明确由病毒感染导致的复发性脑膜炎，则给出病因学诊断“复发性病毒性脑膜炎”；其余病原体如伯氏疏螺旋体也可引起无菌性脑膜炎，这也是莱姆病的最常见表现之一，但复发性脑膜炎较少见。
2、囊肿细胞脱落：这种脱落细胞及其刺激与脑膜炎的反复发作有关。
3、免疫反应：曾有报道系统性红斑狼疮患者发生复发性无菌性脑膜炎的病例，也有以复发性无菌性脑膜炎为首发表现的原发性干燥综合征，这提示免疫因素在其发病中起一定作用。
4、药物因素：既往有布洛芬等非甾体类抗炎药引起无菌性脑膜炎的病例，说明非甾体类抗炎药等多种药物可诱发无菌性脑膜炎发作。
二、诱发因素
抵抗力低下：由于不适当或不足饮食所造成，造成机体营养状态不佳，抵抗力低下，易发生疾病；天气寒冷人体免疫力下降，造成脑膜炎病毒在寒冷的环境下繁殖更旺盛，易造成感染发病。