脑型疟疾主要病因是恶性疟原虫感染，在高度流行区域内生活的儿童容易感染。脑型疟疾属于传染性疾病，主要传播途径是通过雌性蚊虫叮咬皮肤，传染源为带疟原虫者和疟疾患者。
疟原虫感染：脑型疟疾主要病因是恶性疟原虫感染，患者中枢神经系统受恶性疟原虫感染后，会引发本病，脑血管中广泛地充斥了含虫红细胞并黏附于血管内皮，阻塞血管而妨碍了脑组织的气体交换，导致脑缺氧，新陈代谢紊乱，加之原虫有毒因子的作用造成了严重的脑部病变和神经症状。