舌咽神经痛主要是由于神经脱髓鞘、肿瘤、颅内舌咽神经受损引起。受到精神刺激的人群、生活习惯不良的人群是本病的好发人群，可由生活习惯不良、面部动作诱发。
一、主要病因
1、神经脱髓鞘：包裹舌咽神经的髓鞘缺失，造成了舌咽神经传导系统传导障碍，是造成原发性舌咽神经痛的主要病因。
2、肿瘤：颅后窝的恶性肿瘤损伤了舌咽神经，或者颈静脉孔区、颅底、鼻咽部、扁桃体等的肿瘤，局部蛛网膜炎或动脉瘤压迫，从而造成本病。
3、颅内舌咽神经受损：局部感染或者舌咽神经变性均可以造成本病。
血管压迫：扭曲、蛇行的血管压迫在舌咽神经根进入脑桥前的“敏感区”，压迫使神经发生髓鞘和轴突结构的改变，神经冲动在舌咽神经的纤维之间、与迷走神经的纤维之间发生“短路”，或者发生其他方式的传导异常，造成神经兴奋性的异常增高，对日常生活中某些寻常刺激发生错误的反应，出现疼痛的发作。
4、蛛网膜增厚粘连：手术中发现舌咽神经根区，颈静脉孔周围的蛛网膜有异常改变，由于炎症、出血等原因造成局部蛛网膜增厚，使神经根与周围的血管发生接触，颈静脉孔区的蛛网膜增厚粘连将神经根间定，当周围有挤压力时神经根不能够缓冲而受到压迫。
二、诱发因素
1、生活习惯不良：过度疲劳、生活习惯不规律、过量吸烟饮酒等均可能造成本病发生。
2、面部动作：大笑、吞咽、打哈欠等动作均能诱发舌咽神经痛。