神经莱姆病主要是抗生素治疗，越早越有效，时间为2～4周。对抗生素的选择，只有体外试验证实有抗疏螺旋体作用，并且临床试验证实有效的抗生素才能应用。通常情况下患者口服抗生素即可，但中枢神经系统受影响的患者应静脉注射抗生素进行治疗。出现莱姆病治疗后综合征时，治疗主要以非药物疗法为主，包括患者教育、行为疗法、锻炼或对症药物治疗。
一、药物治疗
伯氏疏螺旋体对四环素、氨苄西林和头孢曲松、亚胺培南高度敏感，对青霉素、苯唑西林和氯霉素中度敏感，对氨基苷类、环丙沙星和利福平不敏感，红霉素在体内无效。出现明显的神经系统症状，常使用三代头孢静脉注射治疗，疗程2~3周，慢性病患者或者病情较重者可适当延长治疗时间，必要时可连续治疗数周。对抗生素治疗反应慢者可加用皮质激素。
二、手术治疗
本病一般无手术治疗。