颅内静脉血栓形成绝大部分归结于各种原因所致的血凝异常，极少数与硬膜穿刺和外伤有关，另有约20%的患者原因不明。
1、血液高凝状态：如妊娠和产褥期血液高凝状态亦出现此病。
2、遗传性凝血机制异常：蛋白S、抗擬血酶Ⅲ缺乏，凝血因子Ⅱ、因子Ⅳ基因突变等。
3、内科疾病：严重脱水、休克、恶病质、心功能不全，一些血液病等常导致血液呈高凝状态、血流淤滞，容易诱发静脉血栓形成。
4、全身疾病：白塞病、肿瘤、系统性红斑狼疮、肾病综合征、血管炎、溃疡性结肠炎和抗磷脂抗体综合征等。
5、药物引起：口服避孕药、皮质醇激素和雄激素等，会影响到正常的凝血功能。
6、感染：头面部的感染性疾病，如中耳炎、鼻窦炎、牙脓肿、扁桃体炎等，通过面静脉直接累及相应海绵窦，或由于感染部位毗邻相应的静脉窦，感染可穿过颅骨到达相应静脉窦，而引起感染性血栓形成。